素食主义者：RDA的重要轴心

Question

我有一个植物群落相关的数据框：

• 行代表网站
• 列代表物种

我使用vegan函数rda(matrix ~ 1)在其上运行RDA。现在我有了排序的轴summary(rda)$sites，但是如何找出它们中哪些是重要的？

我的进一步问题是，如果我使用不同的排序方法，这些方法会有所不同吗？

感谢您的关注和回复。

Answer 1

我个人会说没有办法。但是，有些人建议找到非重要轴的数量。其中一些在vegan github issue中讨论。我个人的经验是，这些方法中的许多方法效果不佳：如果我生成具有定义数量的维度+随机错误的数据，则方法无法找到已知数量的轴。其中许多方法很容易实现（尽管我们还没有在素食主义者中实现它们）。请参阅上面链接的讨论。

您的标题询问PCoA，但您的示例使用RDA。但是，类似的方法适用于两者（或者像我想的那样两者都失败）。