冗余判别分析(RDA),赫林格距离和标准化

时间:2019-02-16 18:15:47

标签: r vegan rda

我是多变量分析的新手,我知道这是一个理论问题,而不是实践问题,但是我读得越多,我就越迷茫。现在,我不知道使用rda()包中的vegan函数对数据执行正确的RDA的方法。

一方面,我从海底拖网的科学调查中获得了丰富的鱼类,另一方面,我拥有了环境变量,例如海底温度,盐度,海底沉积物的有机质百分比,纬度,经度……。

在进行任何分析之前,我已经删除了发生率低的物种,并且还检查了环境数据的共线性。

我有以下内容,

fishes_rda <- rda(abund_hell ~., data = environ_stand, scale = FALSE)

其中abund_hell是鱼类丰度的赫林格变换,而environ_stand是标准化的环境数据,但是我不确定我是否执行了正确的RDA。

所以

-如果我将Hellinger距离与丰度矩阵一起使用,则在应用Hellinger之前我不必标准化丰度数据,对吗?

-考虑到环境数据的不同单位和大小,我是否需要对其进行标准化?

任何帮助都将非常受欢迎。谢谢

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