Question

这可能是一个愚蠢的问题，但我被告知要在R中进行冗余分析（使用包素食）来测试我数据中不同组之间的差异。但是我只有一个数据集（大致与Iris数据集（https://en.wikipedia.org/wiki/Iris_flower_data_set）相当），我在RDA上找到的所有内容似乎都需要两个匹配集。我是否误解或误解了，还是有其他事情发生在这里？

Answer 1

就基础统计而言，您有两个数据矩阵;

iris数据集中的四个形态变量
单个分类预测变量或约束

在素食主义者中使用rda()和iris示例数据：

library("vegan")
iris.d <- iris[, 1:4]
ord <- rda(iris.d ~ Species, data = iris)
ord

set.seed(1)
anova(ord)

置换测试，测试物种之间的差异。

> anova(ord)
Permutation test for rda under reduced model
Permutation: free
Number of permutations: 999

Model: rda(formula = iris.d ~ Species, data = iris)
          Df Variance      F Pr(>F)    
Model      2   3.9736 487.33  0.001 ***
Residual 147   0.5993                  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

你也可以看一下adonis()，它应该和RDA做同样的事情，但是从不同的角度来看：

> adonis(iris.d ~ Species, data = iris)

Call:
adonis(formula = iris.d ~ Species, data = iris) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Species     2   2.31730 1.15865  532.74 0.87876  0.001 ***
Residuals 147   0.31971 0.00217         0.12124           
Total     149   2.63701                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

（出于某种原因，这种情况要慢得多......）

另请参阅betadisper()，因为您可能会使用这些方法检测均值（质心）的差异，这可能至少部分是由于差异（离差）的差异。

仅使用一个数据集在R中使用RDA

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