Snakemake:子工作流程中的通配符

时间:2019-06-13 09:55:41

标签: snakemake

我想将相同的子工作流程应用于X个子目录。有没有办法在子工作流程中使用通配符?

subworkflow otherworkflow:
    workdir:
        "../{mypath}/otherworkflow"
    snakefile:
        "../path/to/otherworkflow/Snakefile"
    configfile:
        "../{mypath}/custom_configfile.yaml"

rule a:
    input:
        otherworkflow("../folder1/test.txt")
        otherworkflow("../folder2/test.txt")
    output: ...
    shell:  ...

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