snakemake每个子工作流程不同的环境

Question

我在snakemake中制作了两个独立的分析管道，每个管道都有自己的conda环境。现在我正在制作一个带有两个管道作为子工作流的伞形蛇。是否可以在自己的环境中使用其他两个管道？我无法在文档中找到它。我不希望使用--use-conda选项为子工作流的每个规则使用单独的环境。

我希望有人可以帮我解决问题，或者我是否需要创建一个包含两个管道所有工具的大型环境，这对我来说似乎不是很有效。

SAMPLES=['a','b','c']

subworkflow one:
    workdir:"snake_one/"
    configfile:"snake_one/config.yaml"

subworkflow two:
    workdir:"snake_two/"
    configfile:"snake_two/config.yaml"


rule All:
  input:
    one(expand("../reports/{sample}-report.html",sample=SAMPLES)),
    two(final.txt),

PS。我也在snakemake论坛上问过这个问题，但我看到这是一个更好的问题。

Answer 1

您应该参考此页面：http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/deployment.html?highlight=envs

您可以使用conda：entry和--use-conda选项为整个管道创建一个env或为每个规则创建一个env。