确保特定规则的每个节点有一个作业

时间:2017-11-07 15:03:06

标签: snakemake

您好,感谢您审核此问题!

我正在使用具有16个可用工作节点的SGE群集。每个都有32个核心。

我有一个规则,它定义了一个进程,每个工作节点只能运行一个实例。这意味着我理论上可以一次运行16个工作岗位。如果每个工作节点上还有其他事情发生,那就没关系了 - 这个特定规则不能同时运行两个作业。有没有办法确保这个?

我尝试过设置内存资源。但设置为例 resources: mem_mb=10000

并正在运行

snakemake --resources mem_mb=10000

一次只能运行一个作业,而不是每个群集一个作业。有没有办法设置每个群集的内存限制?或者其他一些方法来为每个节点仅为特定规则实现一个作业?

谢谢,

埃里克

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