Question

让我们考虑两个蛇文件，一个主文件和一个子工作流：

./ Snakefile：

subworkflow sub:
    workdir: "."
    snakemake: "subworkflow/Snakefile"

rule all:
    input: sub("subresult")

./ subworkflow / Snakefile：

rule sub_all:
    output: "subresult"
    shell: "touch {output}"

此代码效果很好。现在让我们进行一个小的更改：在主文件中用“ ./subresult”替换“ subresult”： output: "./subresult" 仍然有效，但是如果我在子工作流程中进行了相同的更改，则会出现异常：

MissingRuleException:
No rule to produce subresult

如果我在子工作流规则的输出中指定任何其他子文件夹，则会引发相同的异常：

subworkflow sub:
    workdir: "."
    snakemake: "subworkflow/Snakefile"

rule all:
    input: sub("ANY_PATH/subresult")

rule sub_all:
    output: "ANY_PATH/subresult"
    shell: "touch {output}"

我猜这不是正常现象。我的代码有什么问题吗？有没有办法在子文件夹中指定子工作流程的目标？

操作系统：Windows + MinGW

Python 3.6.5

Snakemake 5.4.5、5.2

更新：

我尝试了@JeeYem提供的示例，甚至 data 子目录在我的系统上也不起作用。经过一番调查，我发现这是Windows或Windows / MinGW组合的特定于平台的问题。下面是可以正常工作并显示问题的代码（我留下了原始代码的注释以供比较）：

文件Snakefile：

subworkflow otherworkflow:
    workdir:
        "."
    snakefile:
        "kingmaker.Snakefile"

rule all:
    input:
        otherworkflow('data/a.txt')

子工作流程文件kingmaker.Snakefile：

rule write_file:
    output:
        #'data/a.txt'
        'data\\a.txt'
    shell:
        #'touch {output}'
        'touch data/a.txt'

请注意，我什至不能在shell部分中使用{output}变量。

我将向Snakemake存储库提交票证。

Answer 1

根据我的测试，我猜想您是在./或/和input中这些路径的开头使用了output，这是导致问题的原因。我不确定确切的原因，但是snakemake似乎指出了问题的原因（请参见答案的结尾）。

在如下所示的示例脚本中，我可以使用子目录data，而在两个Snakefile中都没有任何问题。但是，如果我使用./data（即子目录开头的./），snakemake将无法正常工作。

文件Snakefile：

subworkflow otherworkflow:
    workdir:
        "."
    snakefile:
        "kingmaker.Snakefile"

rule all:
    input:
        otherworkflow('data/a.txt')

子工作流程文件kingmaker.Snakefile：

rule write_file:
    output:
        'data/a.txt'
    shell:
        'touch {output}'

实际上，如果您在输出路径的开头使用snakemake -s kingmaker.Snakefile本身（即./）运行子工作流，snakemake强烈建议不要使用此警告：

Relative file path './data/a.txt' starts with './'. 
This is redundant and strongly discouraged. 
It can also lead to inconsistent results of the file-matching approach used by Snakemake. 
You can simply omit the './' for relative file paths.

我在Mac上使用snakemake v5.4.0。

如果我在子文件夹中指定目标，则找不到Snakemake子工作流程结果

1 个答案: