Question

我有一个脚本，它接受一个大的输入文件，然后使用不可预测的算法将其分解为从1到n的多个块。

然后，下面的脚本将迭代地处理每个块。

如何创建一个snakemake规则，该规则基本上表明输出文件将从1到n存在，并且对于1到n个输入文件中的每一个，应该运行以下脚本。

谢谢！

Answer 1

有dynamic keyword。可以这样使用：

rule all:
    input:
        dynamic('{id}.png')


rule draw:
    input:
        '{id}.txt'
    output:
        '{id}.png'
    shell:
        'cp {input} {output}'


rule cluster:
    input:
        'input.csv'
    output:
        dynamic('{id}.txt')
    shell:
        'touch 1.txt 2.txt'

Answer 2

您是否尝试过设置通配符？例如，如果要在文件1到22上迭代规则，则可以在snakemake文件的顶部设置通配符：

num=range(1,23)

然后在您的snakemake文件名中使用该通配符或在{wildcard.num}中引用它

仅输出中的Snakemake通配符

2 个答案: