snakemake：在群集上运行某些任务，在本地运行某些任务

Question

我正在使用snakemake来编排分析管道。有些任务非常小（例如创建一些符号链接），而另一些则需要几个小时。有没有办法对其中一些使用--cluster但只在本地执行其他操作？

Answer 1

localrules就是这样做的。当下面的示例与--cluster一起运行时，bar作业在群集中运行，foo作业在本地运行。

localrules: foo

rule foo:
    ...

rule bar:
    ...