Question

我正在尝试使用以下命令将一些蛇制作作业汇总到秃鹰群集上。

snakemake -f TestJob --cluster-config cluster.json -j 30 --cluster condor_submit

在SnakeFile中指定了TestJob规则的地方

rule TestJob:
    input:
    output: "test.txt"
    shell:
        "touch test.txt;"

和群集配置文件如下：

{
    "__default__" :
    {
        "output"    : "workdir/logs/cluster/{rule}.{wildcards}.out",
        "error"     : "workdir/logs/cluster/{rule}.{wildcards}.err",
        "log"       : "workdir/logs/cluster/{rule}.{wildcards}.log"
    },

}

执行此操作时，出现以下错误：

Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 30
Job counts:
    count   jobs
    1   TestJob
    1

[Mon Jul  1 11:18:04 2019]
rule TestJob:
    output: test.txt
    jobid: 0


ERROR: on Line 11 of submit file: 

ERROR: Failed to parse command file (line 11).
Error submitting jobscript (exit code 1):
Submitting job(s)
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

有人对可能发生的事情有任何想法吗？谢谢

Answer 1

Snakemake应该将shell伪指令下的字符串写入一个临时文件，并将该文件作为命令参数传递给condor_submit。也就是说，在您的情况下，临时文件将仅包含行touch test.txt;，然后snakemake将执行condor_submit temp.sh。

那么，如果您实际上只用touch test.txt;行写一个文件然后执行condor_submit temp.sh，会发生什么？只是一个疯狂的猜测，因为我对秃鹰不熟悉...

（但是，错误消息显示ERROR: on Line 11 of submit file:，所以提交的文件可能有多于1行）

使用snakemake在秃鹰群集上提交作业时出错

1 个答案: