在DRMAA集群上运行许多作业时，是否有办法获得良好的错误报告摘要？

Question

我需要在DRMAA集群上运行总数超过2000个作业的snakemake管道。当某些作业失败时，我希望最终收到一个易于阅读的摘要报告，其中仅列出失败的作业，而不是日志中给出的整个作业摘要。

有没有一种方法可以实现，而无需我自己解析日志文件？

以下是（不完整的）群集选项：

jobs: 200 latency-wait: 5 keep-going: True rerun-incomplete: True restart-times: 2

Answer 1

除了自己解析日志文件外，我不确定是否还有其他方法，但是我已经用grep做了好几次了，我对结果感到满意：

cat .snakemake/log/[TIME].snakemake.log | grep -B 3 -A 3 error 

当然，无论您要检查哪个运行，都应更改TIME占位符。