Question

library(parallel)
cl=makeCluster(4)
txts = c("I", "AM", "NOT", "PRINTED")
clusterApply(cl, txts, function(txt){write(txt, stderr())})
stopCluster(cl)
txts = c("WHILE", "I", "AM", "PRINTED")
lapply(txts, function(txt){write(txt,stderr())})

运行上述代码时，似乎忽略了从write到clusterApply的调用：什么都不会打印。

我要从clusterApply打印的原因是，我要运行的代码预计将需要很多小时才能完成；我希望能够监视进度。

我发现了一种令人惊奇的从clusterApply打印的方法；也就是说，通过clusterApply通过Rcpp运行的C ++代码可以打印到控制台。不过，这样做似乎已经足够矫kill过头了。

还有其他从std::cerr打印的方法吗？

Answer 1

您可以使用makeCluster(4, outfile = "")跟踪进度。这也会打开write(txt, stderr())

的输出

此解决方案outfile = "" seems仅用于Linux系统。有关窗口的更多信息，请检查链接的问题和注释。似乎有些解决方案，例如使用Rterm代替Rgui，但由于无法测试，因此无法提供给您。

我在xubuntu 18.04上使用了以下代码并获得了所有调用。

library(parallel)
cl=makeCluster(4, outfile ="")
txts = c("I", "AM", "NOT", "PRINTED", seq(1,1000000,1))
clusterApply(cl, txts, function(txt){write(txt,stdout())})
stopCluster(cl)

摘自makeCluster的纪录片：

输出文件：

将stdout和stderr连接输出指向何处   来自工人。 “”表示没有重定向（只能是   对于本地计算机上的工作人员很有用）。默认为“ / dev / null”   （在Windows中为“ nul：”）。另一种可能性是   工人的主人。当所有工作人员登录时，文件将以附加模式打开   到同一文件。

因此，如果要使用stderr，则必须澄清输出文件

Answer 2

您需要捕获在后台工作程序中生成的标准输出，并将其作为结果的一部分返回，然后在主R流程中将其重新输出。未来的框架会自动执行此操作，同时还会自动执行“中继”以及消息和警告条件：

> library(future.apply)

> cl <- parallel::makeCluster(4)
> plan(cluster, workers = cl)

> txts <- c("I", "AM", "ALSO", "PRINTED")
> y <- future_lapply(txts, function(txt) {
+   print(txt)
+   message("M: ", txt)
+ })
[1] "I"
M: I
[1] "AM"
M: AM
[1] "ALSO"
M: ALSO
[1] "PRINTED"
M: PRINTED

> parallel::stopCluster(cl)

仅供参考，在未来软件包的下一个版本中，将尽快中继工人的输出，即，在结果被收集并可用时尽快传递。在当前版本中，只有当所有工作人员都完成后，它才会中继。

其他评论：

您实际上并不想显式输出到stderr()-有一个原因请参阅https://github.com/HenrikBengtsson/Wishlist-for-R/issues/55。

使用outfile = ""创建PSOCK群集的方法应被视为是一种hack。该输出将以“背景”结束，R不能在任何地方捕获它，是否显示在很大程度上取决于您所运行的环境类型，即如果R在Linux的终端中运行，其行为会有所不同，在Windows上，在Windows上的Rgui中，在RStudio等上。

如何从clusterApply打印？

2 个答案: