Question

我有这个可重复的R片段

rm(list=ls())

library(doSNOW)

f <- function(a, b) a+b
g <- function(c) f(c*c, c+c)

v <- c(1, 2, 3, 4, 5, 6)

cl <- makeMPIcluster(1)
cat( clusterApply(cl, v, g) )
stopCluster(cl)

我收到以下错误消息：

Error in checkForRemoteErrors(val) : 
  6 nodes produced errors; first error: could not find function "f"

我在Ubuntu下使用R 2.14.1。 MPI已安装并正常运行。

我知道foreach构造存在类似的问题，但它允许通过.export参数手动引用函数。我找不到与clusterApply类似的东西。有解决方法吗？

谢谢！

Answer 1

您的功能未发送给工作人员。也许最好的方法是直接导出函数：

clusterExport(cl, list("f", "g"))

Answer 2

我认为你的问题与“变量范围”有关。在Mac / Linux上，您可以选择使用自动包含所有环境变量的makeCluster（no_core，type =“FORK”）。在Windows上，您必须使用并行套接字群集（PSOCK），该群集仅从加载的基础软件包开始。因此，您总是准确指定哪些变量以及您包含的并行函数库。 clusterExport（）和clusterEvalQ（）是必需的，以便函数分别查看所需的变量和包。请注意，忽略clusterExport之后对变量的任何更改。回到你的问题。您必须使用以下内容：

rm(list=ls())
library(doSNOW)
f <- function(a, b) a+b
g <- function(c) f(c*c, c+c)
v <- c(1, 2, 3, 4, 5, 6)
cl <- makeMPIcluster(1)
# insert code here
clusterExport(cl, list("f", "g"))
# insert clusterEvalQ(cl, library(...)) if you need library for function to parallel
cat( clusterApply(cl, v, g) )
stopCluster(cl)

无法在clusterApply中找到函数

2 个答案: