R包Limma -contrast矩阵差分表达式

Question

我使用limma来分析差异基因表达。 对于建模，你需要一个设计和对比矩阵。我只是想知道是否有人有这方面的经验。

假设表达来自野生型（WT）和突变体（M），并且这些表达是刺激的（S）或未刺激的（U）。对于野生型，我有40个表达式值和20个突变体。

因此，当我想知道哪些基因在突变体中与野生型相比有不同的反应时，我应该将哪个公式用于对比矩阵：

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40) 

Answer 1

确定与野生型相比在突变体中反应不同的基因的对比可能是：

makeContrasts('WT - M')

其中M指刺激和未刺激的突变细胞。但是，我怀疑，你可能想要这样的东西：

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

这将突出WT和任一突变细胞之间的变化。