多重成对基因表达矩阵比较

Question

我在R工作，并且有一个大的基因表达矩阵，我按照以下内容细分为群集：

    Sample  Cluster Gene1 Gene2 Gene3...
    1        A        412  535    23
    2        A        52    969   235
    3        B        143   45     64
    4        B        535    34     75
    .....

我想对每个簇和每个其他簇之间的所有基因进行成对比较，即簇A - 簇B，AC等，然后在所有比较中挑选出一致超过定义的logFC和显着性阈值的基因，所以我在集群A，B，C等中得到一个持续过表达基因的列表。

我试图通过创建一个包含所有可能对比的矩阵来进行限制，但是有两个问题 - 首先，我个人必须为每个集群选择相关的结果表（例如AB但不是BC） ），然后，手动编写所有可能的对比变得可以撤销，因为我有大约50个集群要比较。关于如何在R中工作的任何想法？

    My idea of pseudocode
    1. Define clustering vector (done)
    2. Pick two clusters to be compared
    3. Remove genes that aren't expressed in any of these 2 clusters
    4. Perform multiple t-tests for all genes between these clusters
    5. Repeat the procedure for all cluster combinations
    6. Export lists of genes that are consistently overexpressed for 
    each cluster across all comparisons