使用model.matrix函数进行基因表达的Design Matrix

Question

需要一些帮助。 我的数据如下：

-x c -mthumb -D__SAMD21G18A__ -DDEBUG -DBOARD=USER_BOARD -DARM_MATH_CM0PLUS=true -DSYSTICK_MODE  -I"../src/ASF/common/boards" -I"../src/ASF/sam0/utils" -I"../src/ASF/sam0/utils/header_files" -I"../src/ASF/sam0/utils/preprocessor" -I"../src/ASF/thirdparty/CMSIS/Include" -I"../src/ASF/thirdparty/CMSIS/Lib/GCC" -I"../src/ASF/common/utils" -I"../src/ASF/sam0/utils/cmsis/samd21/include" -I"../src/ASF/sam0/utils/cmsis/samd21/source" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/clock/clock_samd21_r21_da_ha1" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/clock" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/interrupt" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/interrupt/system_interrupt_samd21" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/pinmux" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/power" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/power/power_sam_d_r_h" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/reset" -I"../src/ASF/sam0/drivers/system/reset/reset_sam_d_r_h" -I"../src/ASF/common2/boards/user_board" -I"../src" -I"../src/config" -I"../src/ASF/common2/services/delay" -I"../src/ASF/common2/services/delay/sam0" -I"../src/ASF/common/services/ioport"  -O1 -fdata-sections -ffunction-sections -mlong-calls -g3 -Wall -mcpu=cortex-m0plus -c -pipe -fno-strict-aliasing -Wall -Wstrict-prototypes -Wmissing-prototypes -Werror-implicit-function-declaration -Wpointer-arith -std=gnu99 -ffunction-sections -fdata-sections -Wchar-subscripts -Wcomment -Wformat=2 -Wimplicit-int -Wmain -Wparentheses -Wsequence-point -Wreturn-type -Wswitch -Wtrigraphs -Wunused -Wuninitialized -Wunknown-pragmas -Wfloat-equal -Wundef -Wshadow -Wbad-function-cast -Wwrite-strings -Wsign-compare -Waggregate-return  -Wmissing-declarations -Wformat -Wmissing-format-attribute -Wno-deprecated-declarations -Wpacked -Wredundant-decls -Wnested-externs -Wlong-long -Wunreachable-code -Wcast-align --param max-inline-insns-single=500 -MD -MP -MF "$(@:%.o=%.d)" -MT"$(@:%.o=%.d)" -MT"$(@:%.o=%.o)" 

样品1至4是正常的，5至10是异常的。

数据存储在名为DF的数据框中。 需要使用model.matrix函数创建设计矩阵，其想法是使用此信息拟合线性模型，以便能够识别差异基因。

我不知道如何创建设计矩阵。我已阅读文档，但它无处可寻。函数的语法似乎不适合我所拥有的格式。

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Answer 1

你需要像

这样的东西

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

您是否尝试过阅读limma User's Guide？有很多例子：