差异表达基因分析：如何在具有不同临床基质的表达基质上进行t检验？

Question

我正在开始进行转录组分析（Affymetrix分析）的博士学位。

我有一个表达矩阵（trans_data：32000个基因x 620个样本）和一个临床矩阵（clin_data：620个样本x 42个临床特征）。 样本属于4个群体A-B-C-D中的1个。我想比较一下群体A和群体B之间的基因表达，而又不试图绑定两个矩阵。

我想获得一个矩阵，该矩阵具有两个种群中每个基因的平均表达，然后是pvalue，然后是调整后的p值。

然后我只能选择差异表达的基因（padj <0.05）。

感谢您的帮助。 阿兰

Answer 1

没有clear reproducible example，不能直接回答您的问题，但是您可能想查看相当出色的tableone package