Question

我正在尝试创建一个R包供我自己使用，即使用Rcpp，其C ++代码包括Levmar库。我正在Windows上工作。

例如，当我使用CMake构建C ++代码并在Visual Studio中运行它时，C ++代码可以正常工作。但是，当我将此代码放入R包并尝试构建它时，出现以下错误：

levmar_example_r.o：levmar_example_r.cpp :(。text + 0x281）：对'dlevmar_der'的未定义引用

（dlevmar_der在levmar.h中声明，该文件包含在我的R包中，请参见下文）

我已经阅读了很多关于如何使用外部库（例如this或this来构建R包的SO帖子，但这并没有帮助我解决问题。

我的包裹的结构：

bin/
  |- levmar.lib
inst/
  |- include/
      |- levmar.h
man/
R/
src/
  |- Makevars
  |- Makevars.win
  |- levmar_example_r.cpp
  |- RcppExports.cpp
src-i386/
DESCRIPTION
NAMESPACE

Makevars / Makevars.win的内容

PKG_LIBS = -L../bin -llevmar
PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include

C ++代码（levmar_example_r.cpp）

#include <iostream>
#include <levmar.h>
#include <math.h>
#include <Rcpp.h>

void fun(double *p, double *x, int m, int n, void *data_){
  double a = p[0];
  double b = p[1];

  double *data = (double *) data_;

  for(int i = 0; i < n; i++){
      x[i] = log(a*data[i]+b);
  }
}

void jacFun(double *p, double *jac, int m, int n, void *data_){
  double a = p[0]; 
  double b = p[1];

  double *data = (double *) data_;

  int k, l;
  for(l=k=0; l < n; l++){
    jac[k++] = data[l]/(a*data[l]+b);
    jac[k++] = 1/(a*data[l]+b);
  }

}

// [[Rcpp::export]]
void test_levmar(){
  int m = 2; // # of parameters
  int n = 40; // # of observations

  double a = 1.0;
  double b = 2.0;

  double data[] = {0.119047619047619, 0.238095238095238,    0.357142857142857, 0.476190476190476,   0.595238095238095, 0.714285714285714, 1.07142857142857, 1.42857142857143,
    0.119047619047619   ,0.238095238095238, 0.357142857142857, 0.476190476190476, 0.595238095238095, 0.714285714285714  ,1.07142857142857, 1.42857142857143 ,
    0.119047619047619,  0.238095238095238,  0.357142857142857,  0.476190476190476,  0.595238095238095,  0.714285714285714,  1.07142857142857,   1.42857142857143,
    0.119047619047619,  0.238095238095238,  0.357142857142857,  0.476190476190476   ,0.595238095238095, 0.714285714285714,  1.07142857142857,   1.42857142857143,
    0.119047619047619,  0.238095238095238   ,0.357142857142857, 0.476190476190476,  0.595238095238095,  0.714285714285714,  1.07142857142857,   1.42857142857143};

  double popti[2];
  popti[0] = a; popti[1] = b;

  double x[40];
  fun(popti, x, m, n, (void *) data);

  // algorithm parameters
  double opts[LM_OPTS_SZ], info[LM_INFO_SZ];
  opts[0]=LM_INIT_MU;
  // stopping thresholds for
  opts[1]=1E-10;       // ||J^T e||_inf
  opts[2]=1E-10;       // ||Dp||_2
  opts[3]=1E-10;       // ||e||_2
  opts[4]= LM_DIFF_DELTA; // finite difference if used

  double p[2];
  p[0] = 3.0; p[1] = 1.0;

  dlevmar_der(fun,jacFun,p,x,m,n,100,opts,info,NULL,NULL,(void *) data);

  std::cout << "Optimum found:" << std::scientific << std::setprecision(8)<< "\t"<< p[0]<< "\t" << p[1]<< std::endl;
 }

我还尝试将levmar库的所有标头放在inst / include文件夹中，并将所有.c文件放在src / levmar文件夹中，然后删除

PKG_LIBS = -L../bin -llevmar

在Makevars / Makevars.win中并添加

-I src/levmar

到PKG_CPPFLAGS，但是也没有解决。

您对我应该做什么有任何想法吗？

如果我不够清楚，请随时询问精度

Answer 1

SODD使我变得更好。我已经构建了一个非常粗略的程序包，该程序包可以编译levmar代码并从中创建一个初始的R程序包：https://github.com/rstub/levmaR。要点：

src子目录中的源文件不会自动编译。必须以某种方式添加它们，例如

CXX_STD = CXX11
PKG_LIBS=-L. -llevmar  $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
PKG_CPPFLAGS=-I./levmar/ -DSTRICT_R_HEADERS 

all: $(SHLIB)
$(SHLIB): liblevmar.a

LIBOBJS = levmar/lm.o levmar/Axb.o levmar/misc.o levmar/lmlec.o levmar/lmbc.o \
          levmar/lmblec.o levmar/lmbleic.o

liblevmar.a: $(LIBOBJS)
    $(AR) rcs liblevmar.a $(LIBOBJS)

默认情况下，levmar尝试构建单精度和双精度函数，并尝试使用LAPACK。 R的默认版本仅包括双精度LAPACK和BLAS。我禁用了单精度构建。
levmar库实际上是纯C语言。因此，我怀疑您的问题可能是由VC和gcc之间的不同C ++ ABI引起的。 VC和gcc之间最有可能在静态库的布局方面存在其他不兼容性。

现在唯一可用的功能是您的test_levmar()。在Linux和Windows上进行了测试（通过Appveyor和rhub）。

使用带有外部C ++库的Rcpp构建R包时的未定义参考

1 个答案: