Question

我正在尝试开发一个R包，它使用Sundials C库来求解微分方程。为了不让用户安装库，我将库的源代码放在我的包中。

我已将/inst/include/sundials-2.6.2中的所有头文件和我的包文件夹的.c中的src/sundials-2.6.2文件放在一起。

从我对这个主题的SO帖子的阅读中，sourceCpp多个文件中的代码（例如，单独的.h和.cpp文件应该有效，如果它们被构造成一个部分我试图从Sundials包中运行一个示例代码文件

我的代码（只是开头部分）看起来像

#include <Rcpp.h>

#include "../inst/include/sundials-2.6.2/cvode/cvode.h"             /* prototypes for CVODE fcts., consts. */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/nvector/nvector_serial.h"  /* serial N_Vector types, fcts., macros */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/cvode/cvode_dense.h"      /* prototype for CVDense */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/sundials/sundials_dense.h" /* definitions DlsMat DENSE_ELEM */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/sundials/sundials_types.h" /* definition of type realtype */

但是，我收到了错误

fatal error: sundials/sundials_nvector.h: No such file or directory

我在以下github存储库中做了类似的事情

Rcppsundials - https://github.com/AleMorales/RcppSundials.R/blob/master/src/cvode.cpp

使用

调用头文件

#include <cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

并将头文件合并到/inst/include/文件夹下。

这是我正在尝试开发的第一个软件包，我还没有广泛使用过C / C ++，所以在编写这个程序的过程中可能会有一些非常愚蠢的东西。

只是旁注 - 我能够在我的OSX机器上安装并运行一个示例，但目前我正在使用没有安装Sundials的Windows机器。它确实安装了Rtools，因此我可以编译并运行示例Rcpp程序。

谢谢 SN

Answer 1

外部库链接应使用以下设置完成：

R/
inst/
  |- include/
     |- sundials/ 
  |- header.h
src/
  |- sundials/
  |- Makevars
  |- Makevars.win
  |- action.cpp
man/
DESCRIPTION
NAMESPACE

然后添加以下内容：

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
PKG_CPPFLAGS =  -I../inst/include/ -I src/sundials

同时Makevars和Makevars.win

这里我选择从文件夹名称中删除日文版本号。

修改

我已经完成了编译程序包所需的修复：

https://github.com/sn248/Rcppsbmod/pull/1

注意：

结构是：

inst/
  |- include/
     |- sundials/  
        |- arkode/
        .....
        |- nvector/  
        |- sundials/ 
  |- header.h

这会迫使include语句：

#include <sundials/cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <sundials/nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <sundials/cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

我改变了它：

inst/
  |- include/
     |- arkode/
     .....
     |- nvector/  
     |- sundials/ 
  |- header.h

因此，陈述将永远是：

#include <cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

使用Rcpp在R包中添加外部库

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