Question

我正在开发一个包含来自第三方库（SUNDIALS）的C代码的软件包。包使用以下执行静态链接的Makevars文件进行编译和工作（即，能够解决测试ODE）

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) $(PKG_LDFLAGS)/libsundials_cvode.a $(PKG_LDFLAGS)/libsundials_nvecserial.a

然而，略有修改版本（基于R-Exts中的示例，即 - PKG_LIBS = -L$(XML_DIR)/lib -lxml2（下方）的Makevars}失败

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -L$(PKG_LDFLAGS) -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm

失败，并显示以下错误消息。

Error: package or namespace load failed for ‘Rcppsbmod’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so, 6): Library not loaded: libsundials_cvode.3.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so
  Reason: image not found
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod’

Exited with status 1.

当我将PKG_LDFLAGS指定为/usr/local/lib时，我不确定为什么要在其他位置查找库。

顺便说一句，SUNDIALS包编译并使用以下命令的测试示例

gcc -Wall cvRoberts_dns.c -o cvRoberts_dns.exe -I/usr/local/include -L/usr/local/lib/ -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm

因此，我知道库已正确安装，并且/usr/local/lib位置提供了正确的文件（用于链接）。

整个软件包源代码可以在 - https://github.com/sn248/Rcppsbmod

找到

任何帮助或指导都将受到高度赞赏！

Answer 1

我正在与类似的问题作斗争，c。 Runtime linking R-extension on MacOS。我目前的解决方法是在编译时设置rpath。在你的情况下，这意味着：

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -L$(PKG_LDFLAGS) -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm -Wl,-rpath,$(PKG_LDFLAGS)

但是，这并不能解决您的问题。比较错误消息，我发现有一点不同：在您的情况下，找不到库libsundials_cvode.3.dylib，而在我的情况下，它是@rpath/libaf.3.dylib。这意味着您安装的库将自己标识为libsundials_cvode.3.dylib。您可以使用

进行检查

$ otool -L /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib 
/usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib:
    /usr/local/opt/sundials/lib/libsundials_cvode.3.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.1.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1252.0.0)

在您的情况下，第二个输出行不应包含绝对路径，而只应包含库的基本名称。我的安装使用brew，它通常使用绝对路径作为库名。在一些简单的测试中，我将R扩展与这些库链接没有问题。

我看到了几种可能性：

从brew尝试SUNDIAL。

使用

调整已安装库中的库路径

install_name_tool -id /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib

使用绝对路径。

使用

调整已安装库中的库路径

install_name_tool -id '@rpath/libsundials_cvode.3.dylib' /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib

并按上述方式设置rpath。

通过添加Makevars

，调整R分机正在查找的库的名称

all: $(SHLIB)
    @if command -v install_name_tool; then install_name_tool -change libsundials_cvode.3.dylib /usr/local/lib/libsundials_cvode.3.dylib $(SHLIB); fi

Answer 2

系统范围的动态链接，如第二个失败的用例，需要系统上动态链接器的配合。

这意味着在构建并将库复制到/usr/local/lib之后，通常必须运行sudo ldconfig来更新链接器缓存。

您可以通过ldconfig -p的输出来查看是否知道库。在我的系统上，没有日,,

edd@rob:~$ ldconfig -p | grep sundials
edd@rob:~$

相关地，您可以（本地）通过声明它们来使用不同的目录 /etc/ld.so.conf.d/somefile.conf - 但这当然不是便携式的，也无法帮助您使用为CRAN指定的包。

使用您在第一个示例中构建的静态库作为包的一部分，因为不需要任何系统帮助。每次构建库只需要更长的时间。

理解`Makevars`用于链接到R包中的外部C库

2 个答案: