我正在使用dMod包在R中编写ODE药代动力学模型。我相信dMod可以提供某种选项来说明隔室的体积，但是我似乎找不到如何使用它或将其与其他分子关联的方法。我在使用R方面相对较新，所以请简单说明。
我正在模拟一个分子，最好概括为非共价抗体-药物偶联物。在我的模型中，药物复合物将进入具有不同体积的各种亚细胞区室。缀合物的蛋白质组分对受体和小分子具有各种亲和力，其根据细胞位置而变化。缔合和解离速率的复杂性使得开箱即用的常规药代动力学模型不合适。但是，我仍然需要考虑隔离专区，这使得先前使用RuleBender的尝试失败了。模拟生物学在化学种类数量上有困难。另外，我在Matlab上很糟糕。因此，我决定使用我最了解的语言R迁移到更灵活的ODE求解器。对于非生物化学家：隔室中所有反应的浓度（即反应速率）随隔室的体积而变化。尽管我可以手动将体积合并到速率方程中，但是命令eqnlist（）似乎可以将“体积”作为参数。
当我向eqnlist（）添加一些volume值时，我没有收到错误，但对于volumes来说却不正确。例如：
toy <- eqnlist(volumes = c(1,3) ) %>%
addReaction("chemA_1", "chemA_2", "k1*chemA_1", "1stOrderCompshift")
toymodel <- odemodel(toy, modelname = "toy1", compile = TRUE)
toypredfunc <- Xs(toymodel)
parameters <- getParameters(toypredfunc)
pars <- structure(c(4,0,0.5), names = parameters)
times <- seq(0, 10, len = 100)
prediction <- toypredfunc(times, pars)
plot(prediction)
我想拥有一个容积为1的第一隔间和一个容积为3的第二隔间。隔间1中的chemA被称为chemA_1，隔间2中的chemA被称为chemA_2。我们从4个分子单元chemA_1和0个单元chemA_2开始。在半衰期时，chemA_1的2个分子单元将变为chemA_2。但是，由于隔室体积为3，因此chemA_2的浓度应为0.67。我看不到如何将体积分配给化学物质，并且没有容易找到涉及带有vols参数的eqnlist（）的示例。
P.S。如果您对R中的药代动力学软件包有其他建议，最好是灵活的，但具有好的文档和示例，请告诉我！