生物信息学数据库结果为阴性？

Question

BioGRID等生物信息学数据库收集了来自各种出版物和实验的不同物种中蛋白质和基因的大量相互作用结果，但是这些校对比测试偏差更好，因为并非所有组合都经过测试，有些测试不止一次。他们不应该收集所有负面结果吗？是否有这样的资源系统地从高吞吐量和低吞吐量实验中收集正负交互？

Answer 1

这些可能会有所帮助：

http://www.jnrbm.com/info/about/

http://www.jnr-eeb.org/index.php/jnr

到目前为止，我知道存在非打击者或非结合药物样化合物的数据库

Answer 2

你应该寻找非相互作用蛋白质对的'Negatome'数据库。

Smialowski P，Pagel P，Wong P，Brauner B，Dunger I，Fobo G，Frishman G， Montrone C，Rattei T，Frishman D，Ruepp A. Negatome数据库：参考集 非相互作用的蛋白质对。核酸Res。 2010年1月; 38（数据库 问题）：D540-4。 Epub 2009年11月17日.PubMed PMID：19920129; PubMed Central PMCID： PMC2808923。可从以下地址获取：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19920129

Answer 3

1）在同行评审的期刊上发表的高通量筛选通常都有这样的数据。 Cessarini发表了关于结构域/肽相互作用的阴性结果。 2）你可以联系像mint / reactome / etc这样的数据库...并提及你想要的负面结果。授权许多此类组织需要与您共享任何此类数据，即使其不在其网站上。 3）关于这个主题的一个很好的资源是http://www.nature.com/nmeth/journal/v4/n5/full/nmeth0507-377.html

Answer 4

我们一直致力于开源蛋白质相互作用元数据库＆amp;预测服务器（其中包括BioGRID和其他来源的数据），可以处理您所要求的负面和正面数据......

MAYETdb 执行以下操作：

1. 将蛋白质相互作用分类为“相互作用”或“不相互作用”
2. 包括来自各种实验装置（Y2H，TAP-MS，更多）和物种（酵母，人类，c.elegans）的数据（包括文献挖掘和数据库数据，例如BioGRID）。
3. 它还会产生这些分类的假阳性和假阴性错误。
4. 随机森林机器学习系统通过学习各种蛋白质特征来预测以前未经测试的相互作用，并以相当高的准确度（~92％AUG）工作。

它还没有在服务器上运行，但是如果您有点不耐烦的话，源代码可用且备受好评：https://bitbucket.org/dknightg/ppidb/src

请询问您是否有任何疑问：）