从蛋白质数据库中提取高度相似的蛋白质

Question

如何从PDB数据库中获得高度相似的结构？

让我们说98％或更高的序列类似的结构？

Answer 1

如果你有一种你感兴趣的特定蛋白质，你应该首先创建一个同源模型，在数据库中搜索相似的蛋白质。完成此操作后，您可以应用更严格的标准来获得高度相似的结果。查看Swiss Model来做到这一点。 http://swissmodel.expasy.org/

Answer 2

您可以对序列进行BLAST搜索（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），将Protein Data Bank指定为您要搜索的数据库。