我遇到了以下问题： 我使用MACS2（2.1.0.20140616）和以下短命令行：
macs2 callpeak -t file.bam -f bam -g 650000000 -n Test -B --nomodel -q 0.01
它似乎按我的意愿工作，但是当我通过
将.bamfile转换为.bed时bedtools bamtobed -i file.bam > file.bed
并在此使用MACS2，我得到了更多的峰值。据我所知，.bed文件应该包含与.bam文件相同的信息，所以这有点奇怪。
有什么建议是什么问题？
谢谢！