使用Snakemake CLI将可变长度数组声明为配置值

Question

我有一个Snakemake工作流程，其中顶层配置条目之一是可变大小的数组（在此特定示例中，同级可能包含或可能不包含在分析中）。目前，我正在使用以下配置文件。

{
    "case": "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.proband.bam",
    "controls": [
        "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.mother.bam",
        "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.father.bam"
    ]
}

我知道snakemake允许使用--config标志在命令行上指定配置选项。由于case值是单个字符串，因此在命令行上这样做很简单。但是controls值呢？是否可以在命令行上将值的数组/列表作为配置选项之一传递？

Answer 1

  

是否可以在命令行上将值的数组/列表作为配置选项之一传递

我怀疑这是否可能直接实现，但是您可以传递一个用引号引起来的字符串（或逗号或其他）分隔的值，这些值将分割后在Sn​​akefile中列出：

snakemake -C controls='control1 control2 ...'

然后在Snakefile中

controls= config['controls'].split(' ')

Answer 2

另一种解决方案是像这样在命令行上传递变量...

snakemake --config case=proband.bam control1=mother.bam control2=father.bam

...然后在Snakefile中动态解析配置设置。例如，与正则表达式control\d+匹配的任何配置键都对应于一个控件样本。

所以这是可能的，但要花点时间，配置文件可能是更好/更干净的选择。