如何传递可变值作为蛇形的输入？

Question

我想使用Snakemake使用SRR ID从SRA数据库下载fastq文件。我读取文件以使用python代码获取SRR ID。

我想一一解析变量作为输入。我的代码在下面。

我要运行命令

  

fastq转储SRR390728

<div id="a"></div>
<div id="b"></div>
<div id="c"></div>

Answer 1

在input命令中跳过shell，仅跳过call the wildcard。 input必须是一个已经存在的文件路径，或者必须作为管道的一部分创建-在您的情况下都不是真的。

rule download_fastq:
    output:
        "fastq/{sample}.fastq.log"
    shell:
        "fastq-dump {wildcards.sample} > {output}"