这是一个普遍的问题，并不具体针对STAR包装器
我今天遇到了一个问题，即STAR包装器有一个内置的可选参数，用户可能想更改它，但不能通过在额外选项中添加修改后的选项来做到这一点，因为STAR exe会抱怨重复的参数定义。
是否可以扫描模块中的其他选项，并且当发现具有默认选项的部分重复项时，请使用其他选项字符串而不是默认选项
在我的情况下，shell区段中的默认值为： --outSAMtype BAM未排序
和我的首选（理想情况下添加到params列表中）是： --outSAMtype BAM SortedByCoordinate
我希望shell运行params字符串而不是默认字符串，从而使该包装器更加灵活