Question

据我了解the documentation for the log section of a snakemake rule，必须手动＆＃34;将内容发送到日志文件。在我看来，使用output部分中定义的文件可以获得相同的结果。

这两种可能的方法有哪些重要区别？

log部分的实际用途是什么？

Answer 1

对我而言，最好的日志实践是Snakemake就是这样：

rule example1:
  input:
    file = <input>

  log: 
    out = '_stdout.log',
    err = '_stderr.err'

  output:
    <output>

  shell: 
    'Script/Tool {input.file} 2> {log.err} 1> {log.out}'

我认为log section非常有用。大多数程序或工具会在standard out和standard error上生成一些日志。这对于用户知道它失败的工具或程序的哪个步骤非常有用。

当然，您可以在输出部分执行此操作，如下面的代码：

rule example2:
  input:
    file = <input>

  output:
    file = <output>
    out = '_stdout.log',
    err = '_stderr.err'

  shell: 
    'Script/Tool {input.file} 2> {output.err} 1> {output.out}'

这将产生与example1规则相同的结果。但output section的目的是使dependencies与其他规则一起使用，或者只提供您需要的结果文件。在大多数情况下，日志不是这些文件，除非在规则中检查某些参数或文件。

将日志放在输出上有一个很大的缺点。当Snakemake中的规则失败时，Snakemake会删除可能因失败而损坏的所有输出。因此，您的日志也将被删除，您可能无法看到该程序的哪一步失败或其原因。

雨果

在snakemake规则的日志部分中定义的文件与输出部分中定义的文件有很大不同吗？

1 个答案: