Question

我想运行bcl2fastq来生成bcl格式的fastq文件。

根据关于排序模式的排序设置和使用的索引数量，它可以生成read1，read2，index1或read1，read2，index1，index2等。

我想要做的是，将读取输出编号信息放在config.yaml文件中：

readids: ['I1','I2','R1','R2']

让规则自动计算它应该生成多少读取输出（fastq.gz文件）。

如何编写输出部分来实现它？

以下是我所拥有的，每次只能从此规则输出一个文件。所以它实际上运行了这个规则4次，每次都是I1，I2，R1和R2，这不是我想要的。如何修复第45行？在第45行， {readid} 应该是 I1,I2,R1,R2 之一。

 39 rule bcl2fastq:                                                                                                                                                 
 40     input:
 41         "/data/MiniSeq/test"
 42     params:
 43         prefix="0_fastq"
 44     output:
 45         "0_fastq/{runid}_S0_L001_{readid}_001.fastq.gz"
 46     log:
 47         "0_fastq/bcl2fastq_log.txt"
 48     shell:
 49         """
 50         bcl2fastq -R {input} -o {params.prefix} --create-fastq-for-index-reads --barcode-mismatches 1 --use-bases-mask {config[bcl2mask]} --minimum-trimmed
    -read-length 1 --mask-short-adapter-reads 1 --no-bgzf-compression &> {log}
 52        
 53         """

Answer 1

您正在寻找基本上填充给定变量的expand() function，返回输出文件列表。你只需要小心逃脱应该“在格式化中存活”的通配符（使用双花括号）：

所以在你的情况下

output:
      expand("0_fastq/{{runid}}_S0_L001_{readid}_001.fastq.gz", readid=config['readids'])

这将用config ['readids']中给出的值替换readid并保留runid wilcard。

安德烈亚斯

snakemake：如何处理规则

1 个答案: