如何更改R中的t-sne距离？

Question

我尝试在T-sne中使用R。 我想使用dtw而不是欧几里得距离。 如何更改R中的规范？

对策展数据执行算法

library(Rtsne)

tsne <- Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500)
tSNE
exeTimeTsne<- system.time(Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500))

Answer 1

您可以使用自己选择的方法，将Rtsne标志设置为is_distance，向TRUE提供任何距离矩阵。有关更多信息，请参见?Rtsne的提供预先计算的距离部分。

library(Rtsne)
library(vegan)

df = data.frame(A = c(4, 11, 17, 0, 2, 4, 8, 10, 2, 4),
                B = c(6, 10, 7, 2, 21, 3, 3, 0, 2, 17),
                C = c(5, 2, 3, 12, 12, 14, 0, 7, 8, 2),
                D = c(7, 16, 24, 18, 31, 8, 2, 21, 3, 13))


bc <- vegdist(df, method = "bray")
tSNE <- Rtsne(bc, is_distance = TRUE, dims = 2, perplexity = 2, verbose = TRUE, max_iter = 500)