如何使用ggplot绘制T-SNE聚类

Question

以下是使用IRIS数据的t-SNE代码：

library(Rtsne)
iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4])
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE


# Show the objects in the 2D tsne representation
plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)

产生这个情节：

如何使用GGPLOT制作这个数字？

Answer 1

我认为最简单/最干净的ggplot方法是在data.frame中存储您需要的所有信息，然后绘制它。从您上面粘贴的代码中，这应该有效：

library(ggplot2)
tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species)
ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col))

我使用常规plot功能的情节是：

plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)