SimpleITK无法使用任何数据类型，无论是3D还是2D

Question

我正在使用SimpleITK加载分层的tiff图像，该图像是具有30个平面/切片的体积图像。

在与result = query("<update query>") 和skimage进行了大量的实验之后，我发现imageio是处理体积图像的最佳方法，但问题是这些功能似乎都不适用我的图片。

SimpleITK

读入图像后，我可以轻松地将其转换为img = sitk.ReadImage(path) ，甚至可以使用numpy显示它，以便正确加载。但是我在上面使用的任何功能，例如：

sitk.Show()

给出警告：

  

sitk :: ERROR：像素类型：16位无符号整数的向量不是   3D byclass itk :: simple ::

支持

我也尝试过强制转换为其他任何数据类型，但我仍然不断收到错误消息：

img_s = sitk.CurvatureFlow(img, 0.125, 5)
# or
sitk.IntensityWindowing(img)
# or
img_m = sitk.ConnectedThreshold(img, (257,419,7))

  

sitk :: ERROR：过滤器不支持根据的转换向量进行转换   16位无符号整数到32位浮点数

我也尝试了上述方法的2D变体：

img2 = sitk.Cast(img, sitk.sitkFloat32)

但是这次我得到了错误：

  

sitk :: ERROR：像素类型：2D不支持64位浮点矢量   按类别itk :: simple :: ConnectedThresholdImageFilter

任何想法可能是什么原因造成的？

P.S。我已经读过一个问题：SimpleITK N4BiasFieldCorrection, not working with any data type，并且我相信这不是重复的，因为他的问题可以通过投射解决，而我的问题甚至对于投射都不起作用。

谢谢

Answer 1

您的图像似乎具有矢量像素类型。许多滤镜不适用于矢量像素。您需要选择向量的一个特定元素才能应用此类过滤器。

您可以使用VectorIndexSelectionCastImageFilter或VectorIndexSelectionCast函数将向量的特定通道提取到标量图像中。