Question

刚刚安装了最新版本的SimpleITK，我正在尝试运行一个简单的代码：

im = sitk.ReadImage('img.nii.gz')
im_bin = sitk.ReadImage('img_bin.nii.gz')
im_bfc = sitk.N4BiasFieldCorrection(im, im_bin)

错误是

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK N4BiasFieldCorrection: /scratch/dashboards/SimpleITK-OSX10.7-intel-pkg/SimpleITK/Code/Common/include/sitkDualMemberFunctionFactory.hxx:214:
sitk::ERROR: Pixel type: 64-bit signed integer is not supported in 2D byN3itk6simple32N4BiasFieldCorrectionImageFilterE

我尝试使用不同的类型，int，float，signed，unsigned，我尝试使用2d和3d图像。我也尝试使用https://itk.org/SimpleITKDoxygen07/html/N4BiasFieldCorrection_8py-example.html 错误总是一样的。 SimpleITK的其他模块似乎可以工作。任何的想法？你能重现错误吗？
谢谢！

Answer 1

在回答我的问题时，我发现所引起的错误似乎与真正的原因无关。如果掩码是使用sitk作为

的阈值

bth = sitk.BinaryThresholdImageFilter()
img_bin = bth.Execute(img)  
img_bin = -1 * (img_mask - 1)

im_bfc = sitk.N4BiasFieldCorrection(im, img_bin)

该算法有效，不会引发错误。 - 如果我找到问题的真正原因，将会更新！

Answer 2

我在这里遇到了真正的问题。＆＃34;面具＆＃34;这里需要是8位或二进制。因此，如果可以对背景进行阈值处理，则可以使用sitk的BinaryThreshold过滤器来获取蒙版。

Answer 3

这是我能够实现这一目标的唯一方式：

img = sitk.ReadImage(in_file)
img_mask = sitk.OtsuThreshold(img)
img = sitk.Cast(img, sitk.sitkFloat32)
corrector = sitk.N4BiasFieldCorrectionImageFilter()
img_c = corrector.Execute(img, img_mask)

SimpleITK N4BiasFieldCorrection，不适用于任何数据类型

3 个答案: