不能"使用FIJI链接" SimpleITK :: Show()

时间:2017-04-04 19:13:49

标签: python imagej simpleitk fiji

我在Ubuntu上运行。调用SimpleITK的Show方法时,我无法在FIJI(ImageJ2)窗口中查看此类图像。

鉴于FIJI是一个便携式应用程序,为了正确地将Show方法与它连接起来,是否有必要再执行一些过程?

提前致谢

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

SimpleITK需要外部图像查看器才能显示图像(ImageJ,3DSlicer,ITK-Snap等)。

ImageJ安装

  1. 转到https://imagej.nih.gov/ij/download.html
  2. 请务必下载bundled with 64-bit Java 1.8.0_112版本
  3. ImageJ设置

    1. 转到https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html
    2. 下载nifti_io.jar
    3. 转到C:\blah\blah\ImageJ\plugins\Input-Output
    4. 从文件夹
    5. 中删除现有的nifti_io.jar文件
    6. 将下载的nifti_io.jar文件复制到文件夹
    7. 重新启动ImageJ并检查File -> Import -> NIfTI-Analyze是否存在
    8. 如果有,则插件已成功安装
    9. SimpleITK设置

      1. 找到ImageJ.exe文件存在的路径
      2. 打开cmd
      3. 输入setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"
      4. 您应该收到消息SUCCESS: Specified value was saved
      5. 检查一切是否正常

        1. 重新启动文本编辑器或IDE(如果已经打开)
        2. 运行您的代码