与ImageJ / Fiji接口

时间:2018-10-09 10:14:08

标签: interface imagej fiji

在其他程序中与ImageJ/Fiji进行交互/控制有哪些选项?

我需要使用斐济提供的一些图像滤镜。但是,我不能让斐济成为我工作流程的中心。我为此使用了另一种系统(脚本语言)。我必须在另一个系统中处理一些数据,对图像应用过滤器,获取结果,然后继续处理该图像。

我有什么选择?斐济提供哪些功能使之成为可能?

尤其是如果我使用的系统没有Java接口,是否可以这样做?它确实具有C接口,并且可以调用命令行程序。


对于上下文:我想将斐济与Mathematica连接。 Mathematica确实具有Java接口,但是it appears to lack support for some Java 8 features that ImageJ requires。我对Java的了解也不多,我正在寻找一个可以快速设置的简单解决方案,而不是需要大量初始投资的长期可靠解决方案。

1 个答案:

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如果无法通过Java集成运行ImageJ筛选器,则可以将必要的操作写入.igm宏,然后让ImageJ以headless模式运行。

否则,将您需要的特定过滤器的Java代码移植到更方便的环境中可能会更简单。 ImageJ主要是为GUI使用而设置的,并且Java / CLI /其他集成会很快变得混乱。