从元数据手动将比例尺添加到ImageJ / FIJI

Question

如何为Tif图像添加比例尺？我拥有的metadeta是tif.anx，tif.eax和XML文件的形式。我不明白如何将它添加到我的图像中，以便我可以获得一个比例尺。

XML文件位于以下链接https://www.dropbox.com/s/wcnjzgb01mlrrxj/image46.tif.cal.xml

ANX文件：https://www.dropbox.com/s/wal7e1a7mxqwwde/image46.tif.anx

Answer 1

根据this ticket，计划Bio-Formats对徕卡立体显微镜格式的支持，但尚未提供。

但是，您的文件image46.tif.anx包含以下行：

<Calibration>
    <Units>mm</Units>
    <MetresPerPixel>1E-06</MetresPerPixel>
</Calibration>

所以在斐济打开普通tif文件后，您可以通过Image > Properties...对话框或使用宏代码手动设置比例校准：

run("Properties...", "unit=mm pixel_width=1E-03 pixel_height=1E-03");

或者，在Java或Javascript中：

IJ.run(imp, "Properties...", "unit=mm pixel_width=1E-03 pixel_height=1E-03");

然后，您可以通过Analyze > Tools > Scale Bar...或通过以下示例宏代码添加比例尺：

run("Scale Bar...", "width=0.1 height=4 font=14 color=White background=None location=[Lower Right] bold overlay");