根据R中的FDR（Benjamini和Hochberg）方法调整显着性阈值（alpha）

Question

我知道p.adjust中的R函数，它可以很好地满足我的需求。但是，现在我想根据significance threshold (alpha)方法来更正p-values而不是FDR (Benjamini & Hochberg)本身。 例如，我们有十个原始p值：

0.0001,0.001,0.024,0.56,0.0077,0.55,0.0025,0.01,0.015,1

如果使用Bonferroni，则非常简单：

alpha_Bonferroni_corrected = 0.01/ number of tests (10 in our example)=0.001

但是对于FDR来说，这将更加棘手。 R中是否有此功能？

Answer 1

mutoss软件包似乎提供了更大的灵活性

 library(mutoss)
 alpha <- 0.01
 set.seed(1234)
 p <-c(runif(10, min=0, max=0.01), runif(10, min=0.9, max=1))
 result <- adaptiveBH(p, alpha)
 result