Question

我使用fdrtool作为我的pvalues，但我有一个错误：

if（max（x）＆gt; 1 | min（x）＆lt; 0）停止时出错（“输入p值必须全部在0到1的范围内！”）：缺少值需要TRUE / FALSE

p值不小于0，大于1。 p值的范围是[1,0]。代码是：

   n=40000

 pval1<-vector(length=n)

 pval1[1:n]= pv1list[["Pvalue"]]

 fdr<-fdrtool(pval1,statistic="pvalue")

Answer 1

我运行你的代码没有问题（虽然我无法重现它，因为我没有对象“pvlist”）。

由于你有一个缺失值错误，我的猜测是你在将csv文件读入R时遇到问题。我推荐使用“read.table”函数，因为根据我的经验，它通常从csv中读取数据文件没有错误：

pvlist<- read.table("c:/pvslit.csv", header=TRUE,
sep=",", row.names="id")

现在你要检查行数和缺失：

nrow(pvlist) # is this what you expect?
nrow(na.omit(pvlist)) # how many non-missing rows are there?

此外，您要确保“p值”列不是字符或因子：

str(pvlist) # examining the structure of the dataframe
pvlist[,2] <- as.numeric(pvlist[,2]) # assuming the 2nd column is the pvalue

简而言之，您很可能在读取数据或数据框中的数据类时遇到问题。