用ggbiplot绘制PCA会导致标签重叠。如何用ggplot用PCA进行绘图?

时间:2018-10-02 19:52:45

标签: r ggplot2 ggrepel

我正在尝试绘制原理图。我正在使用以下代码。我遇到的一个问题是变量的标签彼此之间太近了。我读到使用ggrepel可以解决此问题。

这是示例数据

EDIT1:进行更改以创建可复制的输出

set.seed(1)
dat <- data.frame(
  Diet = sample(1:2),
  Outcome1 = sample(1:10),
  Outcome2 = sample(11:20),
  Outcome3 = sample(21:30),
  Response1 = sample(31:40),
  Response2 = sample(41:50),
  Response3 = sample(51:60)
)

ir.pca <- prcomp(dat[,3:5], center = TRUE, scale. = TRUE) 

summary(ir.pca)

loadings <- ir.pca$rotation

scores <- ir.pca$x

correlations <- t(loadings)*ir.pca$sdev

plot(ir.pca, type = "l",main="")

ggbiplot(ir.pca, choices=c(1,2), obs.scale = 1, var.scale = 1)

dat2 <- as.data.frame(dat)
ggbiplot(ir.pca, choices=c(1,2), # creates a plot with ellipse
         groups=dat2[,1],
         obs.scale = 1, 
         var.scale = 1, 
         ellipse = TRUE)

要在ggplot中绘制相同的图,我该怎么做?这样我就可以使用ggrepel吗?

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