使用ggbiplot在PCA图中包含颜色渐变

时间:2017-01-18 21:22:53

标签: r pca ggbiplot

我正在尝试重新创建我之前在这里制作的PCA图,但是后来丢失了我曾经做过的代码: http://imgur.com/a/jtvFd

在上面的图中,我能够根据他们的“位置”(不同的形状)以及与每个人相关的数值DOY进行分组,范围从100到300.

我再次尝试并遇到困难。我的数据被格式化,使得第一列是位置(我想按形状对个体进行分组),第二列是数字,DOY(我想为个人着色):

Location <- Data[,1]
DOY <- as.numeric(Data[,2])
Data.PCA <- prcomp(Data[,3:11], Center = TRUE, Scale = TRUE)
g <- ggbiplot(Data.PCA, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
              groups = Location, ellipse = TRUE)
g <- g + aes(scale_colour_continuous = DOY)
print(g)

然而,当我这样做时,我收到一个错误:

  

错误:美学必须是长度1或与数据(9)相同:   x,y,xend,yend,scale_colour_continuous

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