Question

我试图使用ggbiplot绘制PCA分数，但由于我的分数与我的分组不匹配，我无法做到。我认为不匹配源于我原始对数转换数据中的NA值（我在计算PC时省略了这一点）。有没有办法解决这个问题，以便我可以使用ggbiplot绘图？

GCelem_trans.pca<-prcomp(na.omit(GCelem_trans.log), center=TRUE, scale=TRUE)
GCelem.rxtp <- GCelem[, 9]


g <- ggbiplot(GCelem_trans.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
                  groups = GCelem.rxtp, ellipse = TRUE, 
                  circle = TRUE)
    Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "groups", value = c(2L, 5L, 5L, 2L,  : 
      replacement has 33337 rows, data has 30804

我应该根据GCelem的副本重新计算GCelem.rxtp，该副本会省略任何带有NAs的行吗？

Answer 1

您可以尝试：

GCelem.rxtp <- GCelem[complete.cases(GCelem_trans.log), 9]

R用ggbiplot绘制PCA得分

1 个答案: