ggplot2 / ggfortify绘制PCA中的错误

Question

我收到以下错误消息，尝试使用ggplot2绘制PCA的（基本）图：

  

plot_label中的错误（p = p，数据= plot.data，标签=标签，标签.label =标签。标签，：     不支持的类：princomp

该图在R自己的双图函数biplot(prin_comp)中起作用，所以我不确定在要求ggplot执行此操作时是否出错，或者PCA输出是否有问题使其不适用于ggplot。我不能发布数据（机密性问题），但是它是一个很大的数据集，如果有帮助，我可以发布PCA输出吗？

编辑： 这是使用mtcars数据集的示例，其结果相同：

library("ggbiplot")
data(mtcars)
View(mtcars)
pca <- princomp(mtcars, scale=1)
princomp(x = mtcars, scale = 1)

Standard deviations:
     Comp.1      Comp.2      Comp.3      Comp.4      Comp.5      Comp.6 
134.3827868  37.5472829   3.0226511   1.2860724   0.8922099   0.6530910 
     Comp.7      Comp.8      Comp.9     Comp.10     Comp.11 
  0.3037193   0.2814568   0.2467490   0.2073344   0.1952988 

 11  variables and  32 observations.


ggbiplot(pca)

  

plot_label中的错误（p = p，数据= plot.data，标签=标签，label.label =标签.label ，：不受支持的类：princomp

同样，在base R的双图函数中起作用。 我希望得到以下类型的输出（而不是下面答案中所示的图），因此如果不明显，请使用biplot而不是autoplot道歉： biplot mtcars

无法在谷歌搜索或在此处搜索时找到类似的错误，但很高兴与他人联系找到该错误。

Answer 1

ggfortify（https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html）的文档显示-

  

{ggfortify}让{ggplot2}知道如何解释PCA对象。后   加载{ggfortify}时，您可以使用ggplot2 :: autoplot函数   stats :: prcomp和stats :: princomp对象。

因此，您要做的只是以下几点：

library(ggfortify)
#> Loading required package: ggplot2

ggplot2::autoplot(princomp(mtcars, scale = 1))
#> Warning: In princomp.default(mtcars, scale = 1) :
#>  extra argument 'scale' will be disregarded

另一种实现方法是使用ggbiplot库（https://github.com/vqv/ggbiplot）：

ggbiplot::ggbiplot(princomp(mtcars))

由reprex package（v0.2.0.9000）创建于2018-08-23。