使用autoplot显示非默认主成分（ggfortify）

Question

我想使用包autoplot()的函数ggfortify在PC3上绘制PC2。默认情况下，只显示PC1和PC2：

library(ggfortify)
myPCA <- prcomp(iris[-5])
autoplot(myPCA)

我可以通过重新排序和重命名prcomp对象中的列来获得我想要的东西：

myPCAtrunc <- myPCA
myPCAtrunc[[1]] <- myPCAtrunc[[1]][c(2,3,1,4)]
myPCAtrunc[[2]] <- myPCAtrunc[[2]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[2]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
myPCAtrunc[[5]] <- myPCAtrunc[[5]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[5]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
autoplot(myPCAtrunc, xlab = "PC2", ylab="PC3")

我知道这是正确的，因为它与plot(myPCA$x[, c(2,3)])相同。

但必须有一种更清洁的方法来解决它。一些想法？

Answer 1

最近解决了这个问题（here）。

autoplot(myPCA,    # your prcomp object
         x = 2,    # PC2
         y = 3)    # PC3

Answer 2

在查看被调用的方法时，看起来它只是为了绘制PC1和PC2而设计：

getS3method("autoplot", class(myPCA) )
> ...
> if (is_derived_from(object, "prcomp")) {
>        x.column <- "PC1"
>        y.column <- "PC2"
>       loadings.column <- "rotation"
>    }
> ...

如果这是您的选项，我建议您使用ggbiplot包并设置choices参数：

library(ggbiplot)
ggbiplot(myPCA, choices = 2:3 , var.axes =FALSE)

Answer 3

您可以做的只是修改您的prcomp对象。然后像这样更改y标签：

pca_test=pca
pca_test$x=pca_test$x[,c(1,3)]
colnames(pca_test$x)=c("PC1","PC2")
pca_test$rotation=pca_test$rotation[,c(1,3)]
colnames(pca_test$rotation)=c("PC1","PC2")

autoplot(pca_test,data=df,colour='study',shape='species')+scale_color_manual(values=c("Red","Blue","Green","Purple","Brown","Orange","Black"))+scale_fill_manual(values=c("Red","Blue","Green","Purple","Brown","Orange","Black"))+theme_bw()+ylab("PC3")

希望它有所帮助！

JC