我有一个数据框,在两个不同的年份(" treat.year"列)和一些环境变量进行处理。我想制作一个PCA的散点图,但我无法弄清楚如何改变这些点的颜色。
我希望给定治疗中的点(C或Ca)在两个采样周期中都是相同的颜色(例如,所有C点蓝色,所有Ca点,绿色,无论年份)和&#34 ;帧"根据治疗和年份连接点(即仅连接C.2009点的帧,另一个仅连接C.2015点等)。
ex <- data.frame(treat.year = c("C.2015", "C.2015", "C.2015", "C.2015", "Ca.2015", "Ca.2015", "Ca.2015", "Ca.2015", "C.2009", "C.2009", "C.2009", "C.2009", "Ca.2009", "Ca.2009", "Ca.2009", "Ca.2009"),
var.b = c(33, 18, 34, 28, 12, 11, 15, 13, 45, 52, 35, 39, 29, 27, 30, 27),
var.e = c(1.1, 0.5, 1.3, 1.2, 0, 0, 0, 0, 1.06, 0.96, 1.06, 0.58, 0.1, 0, 0, 0),
var.g = c(83.2, 53.6, 94.9, 80.8, 25.6, 29.2, 31.9, 29.8, 102.3, 83.9, 158.7, 126.6, 78.5, 186.9, 82.4, 62))
PCA1 <- prcomp(ex[ , 2:4], scale = TRUE)
library(ggfortify)
autoplot(PCA1, data = ex, colour = "treat.year", loadings = TRUE,
loadings.label = TRUE, frame = TRUE)