使用R中的autoplot（ggfortify）绘制主成分3,4

Question

我一直在尝试使用autoplot（在ggfortify R包中）绘制PCA坐标中的数据点。对于数据矩阵D2，

autoplot(prcomp(D2),colour=color_codes)

在主成分1 + 2的空间中生成点的散点图时工作正常。然而，PCA组件1 + 2只能解释大约30％的协方差，我想对PCA 1 + 3,2 + 3和3 + 4等做同样的事情。在autoplot中是否会有一个简单的参数让我这样做，如果没有，我可以使用的最简单的功能是什么？

此外，有没有办法使用autoplot计算和添加质心？

Answer 1

来自?autoplot.prcomp：
autoplot(object, data = NULL, scale = 1, x = 1, y = 2, ...)
其中：
x = principal component number used in x axis和
y = principal component number used in y axis

因此，如果您需要绘制PC2与PC3并添加质心：

library(ggfortify)
set.seed(1)
D2 <- matrix(rnorm(1000),ncol=10)

prcmp <- prcomp(D2)
pc.x <- 2
pc.y <- 3
cnt.x <- mean(prcmp$x[,pc.x])
cnt.y <- mean(prcmp$x[,pc.y])
autoplot(prcmp, x=2, y=3) +
  geom_point(x=cnt.x, y=cnt.y, colour="red", size=5)