如何使用R package depmix从拟合的HMM模拟随机状态?

时间:2018-09-24 20:15:52

标签: r sequence simulation hidden-markov-models

我对R,HMM和depmix还是很陌生,所以如果这个问题太明显了,请道歉。我安装了一个玩具模型,并希望模拟预定长度的随机序列。模拟功能似乎是要走的路。我的命令:

mod <- depmix(list(speeds~1,categ~1),data=my2Ddata,nstates=2,family=list(gaussian(),multinomial("identity")),instart=runif(2))
mod <- simulate(mod)
print(mod)

输出不是预期的输出(实际上,如果我在模拟命令前打印mod,则输出将完全相同):

Initial state probabilties model 
pr1   pr2 
0.615 0.385 

Transition matrix 
   toS1 toS2
fromS1  0.5  0.5
fromS2  0.5  0.5

Response parameters 
Resp 1 : gaussian 
Resp 2 : multinomial 
   Re1.(Intercept) Re1.sd Re2.0 Re2.1
St1               0      1   0.5   0.5
St2               0      1   0.5   0.5

我期望从拟合分布中得出类似n个随机状态的序列(就像他们在这里说第41页:https://cran.r-project.org/web/packages/depmixS4/depmixS4.pdf

有人暗示有人吗?

1 个答案:

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mod@response[[1]][[1]]@y
mod@response[[1]][[2]]@y

将提供模拟的speedscateg

mod@states

将提供模拟的隐藏状态。