如何将具有两个隐藏状态的HMM拟合到具有R的序列

时间:2016-03-28 08:56:09

标签: r hidden hidden-markov-models markov

在R中,我需要将具有两个隐藏状态的HMM拟合到一组序列中。有两个类,每个类都有一组序列。我需要找出某个测试序列来自哪个类,以及隐藏的状态序列是什么。以下是类的子集:

Class 1

QCQRPCWQVFYMWSMSLKEC

CHHVHHVIWYSMEPIWLGIY

HQGYGCSIKYGMYCDLYQLG

CTISQVDCAYPQGDLCGVCQ

QDGDGVWIMGKDMYISCYCK


Class 2

SESQQYWLAEPCEHGWWQCP

QNYSGMLVGWCHTQLSLQIF

QDGYLWWNALPHEDLSGFCQ

QCGGYNHNAEIHEKLSIWDF

GFGKMVWNPGPWESDSLDCF

Test sequence

YYCDGCWIAYHDQDLLVCCV

我尝试过使用HMM软件包但我在Rstudio中不断出现下标错误。

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