在biomod2中运行Maxent时找不到文件错误

时间:2018-09-11 09:23:18

标签: java r maxent

当我将Maxent运行到biomod2中时,出现此错误:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

此外:警告消息:

1: running command 'java' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
  cannot open file 'Sargassum.muticum.42.1.25.30/models/sstrange_sstmax_parmean_salinity/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_MAXENT.Phillips_outputs/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_Pred_swd.csv': No such file or directory

我遵循了以下步骤 http://modata.ceoe.udel.edu/dev/dhaulsee/class_rcode/r_pkgmanuals/MAXENT4R_directions.pdf 添加java路径,并将maxent.jar目录复制到工作目录中,并且路径中没有空格。

当我输入

file.exists("maxent.jar")

我得到了TRUE值。

这些是我的选择:

model <- biomod2::BIOMOD_Modeling(formatdata                                   ,models=c("GLM","MAXENT.Phillips","RF","SRE")                                      ,models.eval.meth=c('KAPPA', 'TSS', 'ROC')                                      ,models.options = biomod_options('C:/Users/me/maxent.jar')                                      ,SaveObj = TRUE,do.full.models = FALSE                                      ,NbRunEval=1,DataSplitTable=dataSplitTable                                    ,VarImport=3,modeling.id = gsub("BO_", "", paste0(layers, collapse= "_")))

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