当我将Maxent运行到biomod2中时,出现此错误:
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
此外:警告消息:
1: running command 'java' had status 1
2: In file(file, "rt") :
cannot open file 'Sargassum.muticum.42.1.25.30/models/sstrange_sstmax_parmean_salinity/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_MAXENT.Phillips_outputs/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_Pred_swd.csv': No such file or directory
我遵循了以下步骤 http://modata.ceoe.udel.edu/dev/dhaulsee/class_rcode/r_pkgmanuals/MAXENT4R_directions.pdf 添加java路径,并将maxent.jar目录复制到工作目录中,并且路径中没有空格。
当我输入
file.exists("maxent.jar")
我得到了TRUE值。
这些是我的选择:
model <- biomod2::BIOMOD_Modeling(formatdata ,models=c("GLM","MAXENT.Phillips","RF","SRE") ,models.eval.meth=c('KAPPA', 'TSS', 'ROC') ,models.options = biomod_options('C:/Users/me/maxent.jar') ,SaveObj = TRUE,do.full.models = FALSE ,NbRunEval=1,DataSplitTable=dataSplitTable ,VarImport=3,modeling.id = gsub("BO_", "", paste0(layers, collapse= "_")))