Question

很抱歉，如果此问题出现之前，我想问一下是否有人知道dismo包中maxent()中每个参数的内容是什么？我搜索了各种R论坛网站和R帮助页面本身，但我无法理解如何插入我的论点。我在这里有一个预测变量的数据框样本

library(dismo)
system.file("java", package="dismo")

bio_14  bio_19  bio_3   bio_5   forest_cover
9       125     67      329     1
9       125     67      329     1
9       124     68      329     3
10      126     67      319     3

每一行都是背景或存在点。在那之后我不明白的是maxent()公式中的p和参数。 p参数是否包含x和y坐标，第3列是否包含1（存在）和0（不存在）？或者包含1和0的列是否会进入参数？ forest_cover是一个分类变量。

DataM<-read.csv("Maxent dataset.csv", header=T)
DataM<-data.frame(DataM)
parg<-read.csv("maxent p arg.csv", header=T)
aarg<-read.csv("maxent a arg.csv", header=T)
DataM[,'forest_cover'] = as.factor(DataM[,'forest_cover'])

#p
x           y
328206.7075 1257255.387
328759.7075 1256632.385
323102.7012 1256404.391
323029.7117 1267187.402



#a
pb
1
1
1
0


#Final code
    maxent1<-maxent(x=DataM, p=parg, a=aarg, factors='forest_cover')

    Error in maxent(x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover") : 
  unused arguments (x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover")

请告诉我是否应该移动一些内容以及它们是否在正确的数据框中。提前致谢

Answer 1

我不知道这是否会有所帮助，但我的代码如下所示。您可以将参数设置如下。如果打开maxent.jar并单击MaxEnt GUI中的帮助按钮，您将获得一个参数列表。只需键入参数的名称并设置其值，它就可以正常工作。

  `xx<-maxent(x=expl,p=spp.coords$garmani, args=c(
  'maximumbackground=10000',
  'defaultprevalence=1.00',
  'betamultiplier=0.5',
  'pictures=true',
  'randomtestpoints=30',
  'linear=true',
  'quadratic=true',
  'product=true',
  'threshold=true',
  'hinge=true',
  'threads=2',
  'responsecurves=false',
  'jackknife=false',
  'askoverwrite=false'
))`

编辑：我应该补充一点，'x'是我的协变量光栅堆栈（在本例中为BioClim图层），'p'只是一个包含xy坐标（按此顺序）的列表。

Answer 2

以下列方式拉出R中的最大值

maxent(predictors, parg, aarg)

，其中

预测变量：环境变量堆栈

parg：存在地点的坐标（不同列中的x和y坐标）

aarg：背景点的坐标（不同列中的x和y坐标）

在R中运行Maxent

2 个答案: