Question

我尝试使用麋鹿位置点（Elk）相对于NED高程栅格（Elev）使用R中的maxent来预测麋鹿高程选择。两者都是预测的在NAD83中使用lat / long，并且我已经裁剪了栅格以解决R中的内存问题。

我已将Elk数据集划分为5组，其中4组现在是培训组（ElkTrain），1我保留为测试组（ElkTest）。我还创建了自己的背景数据（NonElk），其中包含自己的培训和测试数据（NonElkTrain，NonElkTest）。我遇到了这个错误（使用和不使用我的背景数据），我找不到任何人在讨论这个相对于maxent或只使用一个数据帧的时候：

> Max <- maxent(x=Elev, p=ElkTrain, a=NonElkTrain)

或

> Max <- maxent(x=Elev, p=ElkTrain, a=NULL, nbg=5000, factors=NULL, removeDuplicates=TRUE)

match.names（clabs，names（xi））出错：名称与以前的名称不匹配

另外：警告信息：

在.local（x，p，...）中： 1（0.02％）存在点具有NA预测值

由于我只使用一个数据框（ElkTrain），所以哪些名称不匹配？

Answer 1

当您使用一个预测变量创建最大模型时，会发生这样的错误。您可以使用？maxent

中的示例中的数据查看它

library(dismo)
# example data
predictors <- stack(list.files(path=paste(system.file(package="dismo"), '/ex', sep=''), pattern='grd', full.names=TRUE ))
occ <- read.table(paste(system.file(package="dismo"), '/ex/bradypus.csv', sep=''), header=TRUE, sep=',')[,-1]
bg <- randomPoints(predictors, 1000)

# this works
me <- maxent(x=predictors[[1:2]], p =occ)

# fails
me <- maxent(x=predictors[[1]], p =occ)
#Error in match.names(clabs, names(xi)) : 
#  names do not match previous names

这是因为单层，矩阵被丢弃（导致许多R错误...），如下所示：

extract(predictors[[1:2]], occtrain[1:2,])
#     bio1 bio12
#[1,]  263  1639
#[2,]  263  1639

extract(predictors[[1]], occtrain[1:2,])
#[1] 263 263

我会解决这个问题。但这是两个解决方案。

=制作单层RasterStack（如你所建议的）;最简单的方法：

prd <- stack(predictors[[1]])
me <- maxent(x=prd, p =occ)

=或者创建一个data.frame，其中包含存在和背景点的提取栅格值：

abs <- cbind(pa=0, bio1=extract(predictors[[1]], bg))
prs <- cbind(pa=1, bio1=extract(predictors[[1]], occ))

并使用这些数据构建最大模型

x <- data.frame(rbind(prs, abs))
m <- maxent(x[,2,drop=F], p=x[,1,drop=F] )

p <- predict(predictors, m)
plot(p)

Maxent：match.names中的错误（clabs，names（xi））：名称与以前的名称不匹配

1 个答案: